万方本科查重的具体流程包括：首先，上传待检测的论文文档；其次，系统进行文本比对和查重分析；然后，生成查重报告，展示论文原创性和重复率；最后，学术论文查重完成，作者可下载报告进行修改。

在万方本科查重的流程中，系统会对上传的论文进行全文比对，检测重复内容并生成详细的查重报告。通过该流程，作者可以及时了解论文的原创性和重复率，保障学术研究的严谨性和可信度。